Em 2009 é promulgado o Decreto nº 6.938, de 13.08.2009, que regulamenta a Lei 11.540, que trata do Fundo Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (FNDCT).
Em 2008 acontece a primeira reunião do CD do FNDCT no dia 20 de agosto.
Em 2007 entra em vigor a Lei nº 11.540, de 12 de novembro de 2007, que regulamenta o FNDCT, é sancionada pelo Presidente de República, depois de ter sido aprovada pelo Congresso Nacional. Também entra em vigor a Portaria MCT 843, de 27.12.2007, que designa componentes do Conselho Diretor do FNDCT.
Em 2006 a Finep passa a operar com a modalidade Subvenção Econômica.
Em 2005 é aprovada a Lei do Bem nº 11.196/05, regulamentada pelo Decreto 5.798 de 07.07.2006, que trata dos incentivos à inovação tecnológica.
Em 2004 são criados os seguintes Fundos: CT Amazônia e CT Aquaviário. É estabelecido o Comitê de Coordenação dos Fundos Setoriais. É aprovada a Lei da Inovação nº 10.973/04, regulamentada pelo Decreto 55.633/05, que, entre outras coisas, institui a Subvenção Econômica.
Em 2001 são criados os seguintes Fundos Setoriais: CT Info, setor de informática (Lei 10176, de 11/01/2001); CT Infra, para a modernização da infraestrutura de pesquisa em instituições oficiais de ensino e pesquisa (Lei 10197, de 14/02/01); CT Aero – setor aeronáutico, CT Agro – setor de agronegócios, CT Biotec – área de biotecnologia, CT Saúde – setor de saúde, Fundo Verde e Amarelo – apoia projetos de integração universidade/empresa e de estímulo à ampliação dos gastos de P&D por parte de empresas brasileiras e programas que reforcem a cultura empreendedora e os investimentos de risco no País (Lei 10332, de 19/12/01).
Em 2000 são criados os seguintes Fundos Setoriais: CT Energia (Lei 9991, de 24/07/2000); CT Transportes (Lei 9992, de 24/07/2000); CT Hidro e CT Mineral (Lei 9993, de 24 /07/2000); CT Espacial (Lei 9994, de 24/07/2000). Lei 10052, de 28/11/2000 cria o FUNTTEL, Fundo de Desenvolvimento Tecnológico das Telecomunicações, fundo não vinculado ao FNDCT. É lançado o INOVAR, com o objetivo de apoiar as empresas inovadoras através de um programa estruturado de capital de risco.
Presidentes da Finep
Luis Manuel Rebelo Fernandes (2007)
Odilon Marcuzo do Canto (2005)
Sérgio Machado Rezende (2003/05)
Mauro Marcondes Rodrigues (2003)
Ministros e Presidentes da República
Min. Ciência e Tecnologia
Sergio M. Rezende (2005/10)
Eduardo Campos (2004/05)
Roberto Amaral (2003/04)
Ronaldo Sardemberg (1999/02)
Presidentes da República
Luiz Inácio Lula da Silva (2003/10)
Fernando H. Cardoso (1995/03)
