Em 1998 é criado o primeiro Fundo Setorial, o CT-Petro, no âmbito do FNDCT.
O CT-Petro é criado pelo Decreto 2851, de 30/11/98, que regulamenta a Lei 9478, de 06/08/97.
O modelo dos Fundos Setoriais promove a articulação institucional da Finep e da área de ciência e tecnologia com outras áreas de governo – ministérios, instituições e agências a eles relacionadas – e com os segmentos acadêmico e empresarial em torno do setor/área/tema que, em geral, dá nome ao fundo.
Em 1991 a Finep cria o Programa de Apoio à Gestão da Qualidade, AGQ, que financia a implantação de sistemas de gestão de qualidade em empresas brasileiras.
Em 1990 ocorre a reforma de estrutura que extingue uma Diretoria e o cargo de Vice-Presidente.
Presidentes da Finep
Mauro Marcondes Rodrigues (1999)
Lourival Carmo Mônaco (1991)
Evaldo Alves (1990)
Ministros e Presidentes da República
Min. Ciência e Tecnologia
Ronaldo Sardemberg (1999/02)
Bresser Pereira (1999)
José Israel Vargas (1993/99)
Hélio Jaguaribe (1992)
Edson Machado (1991/92)
José Goldemberg (1990/91)
Decio de Zagottis (1990)
Presidentes da República
Fernando H.Cardoso (1995/03)
Itamar Franco (1992/95)
Fernando Collor (1990/92)
José Sarney (1985/90)
