A atividade de investimento em empresas consiste na aplicação de recursos do FNDCT em Fundos de Investimento em Participações (FIP) e em Fundos Mútuos de Investimentos em Empresas Emergentes (FMIEE), regulamentados pelas Instruções CVM 391/03 e 209/94, conhecidos como fundos de venture capital e private equity, respectivamente.

O investimento em fundos destas categorias envolve a aquisição de participações em empresas com alto potencial de crescimento, através da compra de ações ou outro valor mobiliário (debêntures conversíveis, bônus de subscrição, entre outros) com o objetivo de obter ganhos de capital a médio e longo prazo. Para isso, além do capital efetivamente disponibilizado, as empresas passam a contar com o apoio estratégico dos gestores dos fundos para criar estruturas adequadas de governança corporativa, foco no crescimento e lucratividade, bem como na sustentabilidade futura do negócio.

A participação dos fundos nas empresas se dá através de efetiva influência no processo decisório e de planejamento estratégico. A principal instância de participação dos gestores é o conselho de administração, mas não raramente o fundo é responsável por indicar executivos para a empresa.

Ao contrário dos fundos de renda variável (ações) convencionais, os fundos de venture capital e private equity são normalmente estruturados através de condomínios fechados, ou seja, seus investidores subscrevem as quotas no início do fundo e não há possibilidade de resgate intermediário, pois os quotistas só recebem o capital na ocasião do desinvestimento/venda do fundo nas empresas da carteira, tipicamente de 5 a 10 anos após o início do fundo, garantindo recursos de longo prazo para as empresas.

A atividade de investimento em empresas inovadoras através de fundos complementa o portfólio de produtos da Finep, aumentando sua capacidade de atender as empresas de base tecnológica. Com isso, os recursos provenientes do FNDCT chegam a muitas empresas que necessitam mais do que recursos financeiros, mas de um parceiro que divide o risco do negócio visando os ganhos econômicos e sociais futuros.