A atuação planejada da FINEP na área de saneamento data de 1983, com a primeira versão do PROSAB. Nessa época, através de um Grupo Assessor, foram feitos os esforços iniciais para se estabelecer uma discussão organizada sobre as prioridades da pesquisa em saneamento. Caracterizava-se por ser uma ação conjunta com o CNPq e com órgãos afetos ao saneamento: ABES, BNH, MDU, FSESP, Cias. de Saneamento, BNDES, FIOCRUZ, ASSEMAE, Universidades e Institutos de Pesquisa. Como resultado mais relevante do primeiro programa, registra-se a identificação das principais instituições e do quadro científico dedicado à pesquisa. Em 1987 foi aprovada nova versão do PROSAB, contemplando as áreas de água de abastecimento, águas residuárias e resíduos sólidos. Suas linhas de pesquisa também foram definidas a partir de debate com a comunidade que atua na área e as demais agências financiadoras. A crise institucional e política do setor de saneamento, agravada a partir de meados dos anos 80, a não consecução das metas do PLANASA e a extinção do BNH repercutiram diretamente no volume de recursos investidos na área. Os estados e municípios também se descapitalizaram, não podendo compensar a diminuição dos investimentos federais, levando a uma redução na demanda por profissionais de engenharia sanitária e ambiental. A crise repercutiu, assim, sobre as instituições de ensino e pesquisa que foram abaladas pela diminuição do volume de recursos aplicados em C&T a partir desse período. Em 1993, por intermédio da Academia Brasileira de Ciências, o MCT realizou um amplo debate sobre a pesquisa no setor. Desse debate emergiu, como ponto fundamental, a rearticulação de um programa de pesquisa para a área de saneamento, sob a coordenação da FINEP. Um grupo de consultores convidados pela FINEP concluiu que a nova versão do Programa deveria enfocar o desenvolvimento de tecnologias que resultassem na melhoria das condições de vida da população brasileira, especialmente as menos favorecidas e que mais necessitam de ações de saneamento básico. Já nessa ocasião, visando a maior difusão dos conhecimentos gerados e a otimização dos recursos financeiros a serem aplicados, foi decidido que o Programa seria implementado através da formação de redes de pesquisas cooperativas formadas em torno de temas prioritários, previamente selecionados, tornados públicos através de editais. Essa versão do PROSAB foi aprovada pela Diretoria da FINEP em 1995 e, em 1996, foi lançado o primeiro edital já com o novo formato.