A FINEP concede financiamentos reembolsáveis e não-reembolsáveis. O apoio da FINEP abrange todas as etapas e dimensões do ciclo de desenvolvimento científico e tecnológico: pesquisa básica, pesquisa aplicada, inovações e desenvolvimento de produtos, serviços e processos. A FINEP apóia, ainda, a incubação de empresas de base tecnológica, a implantação de parques tecnológicos, a estruturação e consolidação dos processos de pesquisa, o desenvolvimento e a inovação em empresas já estabelecidas, e o desenvolvimento de mercados. Vale lembrar que a FINEP financia apenas as etapas anteriores à produção,  não apoiando investimentos para expansão da produção.

Os financiamentos reembolsáveis são realizados com recursos próprios ou provenientes de repasses de outras fontes. As empresas e outras organizações interessadas em obter crédito podem apresentar suas propostas à FINEP a qualquer tempo. O primeiro passo é encaminhar uma Consulta Prévia e, caso esta seja enquadrada, a FINEP receberá a Solicitação de Financiamento.

Os financiamentos não-reembolsáveis são feitos com recursos do FNDCT, atualmente formado preponderantemente pelos Fundos Setoriais de C,T&I. Eles são destinados a instituições sem fins lucrativos, em programas e áreas determinadas pelos comitês gestores dos Fundos. As propostas de financiamento devem ser apresentadas em resposta a chamadas públicas ou encomendas especiais.

A FINEP também tem uma linha de apoio para realização de eventos, temporariamente suspensa.

A FINEP também atua de forma cada vez mais intensa no apoio a empresas de base tecnológica. Desde 2000 desenvolve o Projeto Inovar, que envolve amplo, estruturado e transparente conjunto de ações de estímulo a novas empresas, por meio de um leque de instrumentos, incluindo o aporte de capital de risco, indiretamente via fundos de capital de risco.