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Fundos de C&T – Essa categoria inclui as ações voltadas para o apoio a projetos de instituições científicas e tecnológicas - ICTs e de cooperação entre ICTs e empresas e é composta fundamentalmente das ações dos Fundos Setoriais.

Atualmente são dezesseis Fundos Setoriais em operação vinculados ao FNDCT, sendo que quatorze são destinados a setores específicos: saúde, biotecnologia, agronegócio, petróleo, energia, mineral, aeronáutico, espacial, transporte, mineral, hidro, informática, automotivo e um tem por foco a Amazônia Legal. Os demais são de natureza transversal, o que significa que os recursos podem ser aplicados em projetos de qualquer setor da economia. São eles: Fundo Verde-Amarelo, voltado à interação universidade-empresa e Fundo de Infraestrutura, destinado ao apoio e melhoria da infraestrutura das ICTs.

Nessa categoria constam ainda, três ações de caráter transversal voltadas para o apoio à ICTs: 1) ação destinada ao apoio a eventos, 2) ação destinada ao financiamento de estudos e projetos de pesquisa, desenvolvimento tecnológico e Inovação (P,D&I) em diversas áreas de conhecimento e 3)  a ação Fomento à Pesquisa e Desenvolvimento em Áreas Básicas e Estratégicas, também conhecida como “ação transversal” foi autorizada pelo art. 14 da Lei nº 11.540/2007 e destina-se ao financiamento de ações identificadas com as diretrizes da Política Nacional de C,T&I e com as prioridades da Política Industrial e Tecnológica Nacional.